안녕하세요. 
일반적으로 의제되는 인허가불허가 사유로 주된 인허가를 거부하는 경우 주된 인허가를 대상으로 소송을 제기하라는 것이 판례입니다.
근데 이사안은 약간 다릅니다. 일단 판례원문을 보시면
구 주택법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제1항에 따르면, 주택건설사업계획 승인권자가 관계 행정청의 장과 미리 협의한 사항에 한하여 승인처분을 할 때에 인허가 등이 의제될 뿐이고, 각호에 열거된 모든 인허가 등에 관하여 일괄하여 사전협의를 거칠 것을 주택건설사업계획 승인처분의 요건으로 규정하고 있지 않다. 따라서 인허가 의제 대상이 되는 처분에 어떤 하자가 있더라도, 그로써 해당 인허가 의제의 효과가 발생하지 않을 여지가 있게 될 뿐이고, 그러한 사정이 주택건설사업계획 승인처분 자체의 위법사유가 될 수는 없다. 또한 의제된 인허가는 통상적인 인허가와 동일한 효력을 가지므로, 적어도 ‘부분 인허가 의제’가 허용되는 경우에는 그 효력을 제거하기 위한 법적 수단으로 의제된 인허가의 취소나 철회가 허용될 수 있고, 이러한 직권 취소·철회가 가능한 이상 그 의제된 인허가에 대한 쟁송취소 역시 허용된다.
따라서 주택건설사업계획 승인처분에 따라 의제된 인허가가 위법함을 다투고자 하는 이해관계인은, 주택건설사업계획 승인처분의 취소를 구할 것이 아니라 의제된 인허가의 취소를 구하여야 하며, 의제된 인허가는 주택건설사업계획 승인처분과 별도로 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다(대판 2018. 11. 29, 2016두38792).
판례의 입장은 의제되는 인허가가 부분인허가의제가 허용되는 경우에는 의제되는 부분인허가의 위법으로 주택건설사업계획승인까지 위법이 되는 것이 아니므로 이런 경우에는 부분인허가의제만 취소나 철회가 허용될 수 있고 그런 경우는 위법한 부분인허가만 별도로 항고소송으로 다퉈야지 주택사업계획승인까지 다툴 필요가 없다는 것입니다.
일종의 분리가 가능한 경우이므로 지구단위계획결정만 다투고 전체 주택건설사업계획승인을 다 다투지 말라는 취지입니다.
암기하는 수밖에 없는 판례입니다.
화이팅!