안녕하세요. 
강조점이 다른 것입니다.
해당 문장에 대한 첫 번째 해석은 <내가 못 만난 것은 다른 사람이 아니라 바로 엄마다>로 엄마에 강조점이,
두 번째 해석은, <엄마를 만나지 못한 것은 다른 사람이 아니라 바로 나다>로 '나'에 강조점이 찍힙니다.
물론 '내'가 '엄마'를 만나지 못했다는 사실 자체는 달라진 게 없지만,
상대적으로 문장 성분 가운데 어느 것이 강조되느냐에서 차이가 난다고 보시면 됩니다.
기출에서는 의미의 차이 자체를 물어보는 경우는 없고,
해당 문장이 중의적인 것인가만 판단하면 되는 형태로 나왔었기 때문에,
안/못 부정문이 중의성을 지니게 된다는 것만 익혀두셔도 될 것입니다~