안녕하세요.

질문하신 내용은 음운론 파트가 아닌 <표준 발음법> 항목의 사례들에 해당합니다.
<표준 발음법>의 23항부터 27항까지가 '교체(대치)'에 해당하는 된소리 되기(경음화) 규정이며,
23항은 받침 ㄱㄷㅂㅈㅅ류(실제 발음은 대표음인 ㄱ/ㄷ/ㅂ으로 남) 다음에 오는 ㄱ/ㄷ/ㅂ/ㅅ/ㅈ의 된소리화를 다루고 있고,
24항과 25항은 어간 받침이 유성음 계열인 ㄴ(ㄵ)/ㅁ(ㄻ)/ㄼ/ㄾ 일 때, 뒤에 결합되는 ㄱ/ㄷ/ㅅ/ㅈ의 된소리화를 다루고 있습니다.
'훑지'와 '얇지'는 어간 말음의 받침이 모두 [ㄹ]로 나고, 뒤에 'ㅈ'이 결합되는 구조이기 때문에 이와 같은 규정에 따라 [훌찌]와 [얄찌]로 발음됩니다.
사실, 이러한 규정은 문법적 원리에 따른 것이라기보다는 대중의 언어 사용 현상이 일관되게 된소리 발음으로 나타나는 것을 사후적으로 규정화한 것입니다.
그렇다면 왜 그러한 현상이 나타나는가 하는 의문이 들 수도 있을 텐데요, 이는 학문적으로 설명하기 어려운 부분이 있습니다.
 
그리고 링크해 주신 논문의 개요를 읽어봤는데, 해당 논문은 여기서 문제가 된 용언의 어간 받침(유성음 계열) 다음의 된소리 되기가 아니라
합성어나 한자어와 같은 명사에서 ㄹ받침 다음의 된소리되기에 나타나는 수의성을 다룬 것이어서 신경쓰지 않으셔도 될 것으로 보입니다!