질문1: `아버님이`도 높여서 `아버님께서`라고 해야 하지 않나요?

주격조사는 높이는것은 옵션입니다. 이라고 써도 되고 께서라고 써도됩니다.

질문2: `여보, 아버님이 빨리 오라고 하셔요.`는 될 수 없을 까요?

`오라고 하셔`, `오라셔` 가능합니다.

(남편이 할아버지가 아닌이상 가능하지만 높임법 쓰는게 좋습니다.)

질문3: `오시래요`의 `-시-`는 왜 주체 높임 선어말 어미가 될까요?

오시래요는 오시라고+해요로 구분할수 있어요.

오시는건 주체인 여보에게 가고,

아버님이 하신것은 해요 입니다.

아버님이 더 높으므로

여보가 해야할한 `오는것`을 높이면

아버님이 말하신 `해요`도 `하셔요`로 -시 높임말 써야합니다.